ADH	Before cleaning					After cleaning
Dta files	Score	Expect	Peptide			Dta files	Score	Expect	Peptide				Total Hits	25
AlkDeh_188.dta	34	7.8	K.DIPVPKPK.A			AlkDeh_188_c.dta	35	6.8	K.DIPVPKPK.A				Score higher	18
AlkDeh_308.dta	45	0.69	R.VLGIDGGEGK.E			AlkDeh_308_c.dta	(49)	0.28	R.VLGIDGGEGK.E				Score equal	4
AlkDeh_344.dta	(36)	5.9	R.VLGIDGGEGK.E			AlkDeh_344_c.dta	52	0.14	R.VLGIDGGEGK.E				Score lower	2
AlkDeh_782.dta	41	1.5	R.EALDFFAR.G			AlkDeh_782_c.dta	(39)	2.1	R.EALDFFAR.G				found only after cleaning	1
AlkDeh_768.dta	(35)	5.8	R.EALDFFAR.G			AlkDeh_768_c.dta	(35)	5.5	R.EALDFFAR.G				lost after cleaning	0
AlkDeh_763.dta	(31)	13	R.EALDFFAR.G			AlkDeh_763_c.dta	42	1.1	R.EALDFFAR.G
AlkDeh_526.dta	(56)	0.056	K.ANELLINVK.Y			AlkDeh_526_c.dta	(56)	0.053	K.ANELLINVK.Y
AlkDeh_579.dta	(44)	0.84	K.ANELLINVK.Y			AlkDeh_579_c.dta	(44)	0.81	K.ANELLINVK.Y
AlkDeh_558.dta	58	0.031	K.ANELLINVK.Y			AlkDeh_558_c.dta	67	0.0048	K.ANELLINVK.Y
AlkDeh_353.dta	47	0.33	K.GVIFYESHGK.L			AlkDeh_353_c.dta	52	0.12	K.GVIFYESHGK.L
	n/a	n/a				AlkDeh_295_c.dta	(31)	14	K.GVIFYESHGK.L
AlkDeh_582.dta	63	0.0086	K.SISIVGSYVGNR.A			AlkDeh_582_c.dta	71	0.0014	K.SISIVGSYVGNR.A
AlkDeh_500.dta	(52)	0.1	K.CCSDVFNQVVK.S			AlkDeh_500_c.dta	68	0.0025	K.CCSDVFNQVVK.S
AlkDeh_533.dta	55	0.054	K.CCSDVFNQVVK.S			AlkDeh_533_c.dta	(59)	0.02	K.CCSDVFNQVVK.S
AlkDeh_482.dta	(48)	0.27	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C			AlkDeh_482_c.dta	(44)	0.78	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C
AlkDeh_454.dta	(65)	0.0052	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C			AlkDeh_454_c.dta	(67)	0.0034	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C
AlkDeh_542.dta	(33)	9.2	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C			AlkDeh_542_c.dta	(55)	0.061	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C
AlkDeh_509.dta	(55)	0.057	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C			AlkDeh_509_c.dta	(62)	0.011	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C
AlkDeh_569.dta	(55)	0.06	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C			AlkDeh_569_c.dta	(59)	0.023	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C
AlkDeh_279.dta	67	0.0033	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C + Oxidation (M)			AlkDeh_279_c.dta	74	0.00066	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C + Oxidation (M)
AlkDeh_459.dta	(58)	0.029	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C + Oxidation (M)			AlkDeh_459_c.dta	(70)	0.0016	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C + Oxidation (M)
AlkDeh_326.dta	(54)	0.07	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C + Oxidation (M)			AlkDeh_326_c.dta	(57)	0.034	R.ANGTTVLVGMPAGAK.C + Oxidation (M)
AlkDeh_790.dta	44	0.7	K.VVGLSTLPEIYEK.M			AlkDeh_790_c.dta	44	0.64	K.VVGLSTLPEIYEK.M
AlkDeh_645.dta	(40)	1.6	R.VLGIDGGEGKEELFR.S			AlkDeh_645_c.dta	(41)	1.4	R.VLGIDGGEGKEELFR.S
AlkDeh_642.dta	80	0.00016	R.VLGIDGGEGKEELFR.S			AlkDeh_642_c.dta	88	2.7e-05	R.VLGIDGGEGKEELFR.S